Первоначально планировалось, что экспедиция будет работать в рамках «теории вечного льда» Ганса Гёрбигера, чтобы найти ей подтверждение. На этом настаивал лично рейхсфюрер СС Генрих Гиммлер, известный своей приверженностью восточному мистицизму и оккультным наукам. Однако Шефера интересовали, прежде всего, научные цели, из-за чего он подвергся критике Вольфрама Зиверса, который заявил, что Аненербе не будет спонсировать экспедицию. Гиммлер допускал отправку Шефера в Тибет, при условии того, что все сотрудники экспедиции будут членами СС[1], на что Шеферу пришлось согласиться. Изначальное название «Экспедиция Шефера 1938/39» поменяли на «Германскую Тибетскую экспедицию Эрнста Шефера» под негласным патронажем рейхсфюрера СС. По словам немецкого исследователя Изрун Энгельгардт, 80 % суммы на реализацию проекта Шефер получил не от Анэнербе, а от представителей бизнеса и Германского исследовательского общества. Стоимость снаряжения экспедиции составила 65 000 рейхсмарок, столько же понадобилось на саму экспедицию.


4 августа 1939 г. экспедиция через Багдад вернулась в Германию. Шефер и его сотрудники были встречены как национальные герои. Гиммлер вручил Шеферу кольцо «Мёртвая голова» и почетный кинжал СС
В результате деятельности экспедиции были сделаны 22 000 фотографий, собраны данные измерений 376 человек, привезены редкие породы кошачьих и псовых, шкуры животных, птичье оперение, тысячи образцов злаков. В дополнение регент Тибета передал в подарок Гитлеру тибетского мастифа, золотую монету и мантию, которая принадлежала Далай-Ламе.